在当今全球经济一体化的背景下，香港作为一个开放、自由、经济发达的国际金融中心，吸引了众多跨国公司来港设立分支机构。同时，随着内地市场的日益开放和经济增长的迅猛，许多香港公司也选择在内地设立分子公司。然而，对于这些在香港设立分公司但在内地经营的企业来说，如何合理计算税收是一个重要问题。
首先，我们需要明确的是，香港与内地在税收政策上存在一定的差异。香港实行的是简单且低税率的税制，优势在于公司所得税税率较低，且对于跨境收入享有税务优惠。而内地税收制度相对较为复杂，税率在不同区域和行业间有所差异，同时还涉及到增值税、营业税、个人所得税等多种税种。因此，在公司在香港设立分公司但在内地经营时，需要考虑两地税务政策的差异以及相应的合规策略。
香港公司在内地经营通常有两种常见模式，一种是通过香港公司与内地公司签订委托合同，由内地公司代理销售，分担一部分经营收益和风险。其中，香港公司向内地公司提供产品，内地公司承担销售及售后服务等责任。由于此模式下香港公司不在内地直接经营，因此对于此类模式一般可以选择由内地公司纳税。另一种模式是通过香港分公司在内地直接经营，如在内地设立办事处，直接从事生产、经营等活动。对于这种模式，存在一定的税务风险和问题需要关注。
根据相关法律法规和税收政策，香港公司在内地设立分公司经营，就属于在内地境内从事生产、经营活动，根据内地税法，需要在内地缴纳税款。而内地对于外资企业的税务管理中，通常采用的是两个基本原则：在内地公司的资金构成由内地公司自行解决，香港公司在内地的分支机构可以与内地公司合并纳入一体化税务管理。当香港公司与内地公司合并纳税时，应根据两地税法的相关规定，合理计算企业所得税、增值税等税种。
在实际操作中，香港公司在内地设立分公司一般需要遵循以下原则进行税收计算：
1. 合理界定在内地经营的范围：根据两地间的经营合同、合作协议等文件，明确香港公司在内地的经营范围，并将其纳入正确的税务归属。
2. 选择适用的税种和税率：根据相关税收政策和公司经营特点，确定适用的税种和税率，如企业所得税、增值税等。
3. 合理计算纳税金额：根据税收政策和相关法律规定，对公司经营收入、成本、费用等进行准确计算，以确定所得税、增值税等税额。
4. 合规申报和缴纳税款：根据内地税务部门的规定，及时、准确地申报和缴纳税款，并保留相关证明文件和报表，以备将来审计和核查。
总之，对于在香港设立分公司但在内地经营的企业来说，合理计算税收是确保合规经营的重要环节。在实际操作中，应充分了解两地税收政策的差异和相应的合规策略，进行准确、合理的税务计算和申报，以确保企业在跨境经营中的合规性和可持续发展。
参考资料：
- 马进, 李延坡, 张光义. 【专题讲座】对内地所得税是如何对待香港公司的?, 2017.
- 吴劲草. 对香港投资内地汽车销售公司税负浅析, 《税法研究》, 2010, 5: 100-103.
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